Pesantren Jamiatun Mu’tadi menawarkan program pendidikan yang komprehensif dan seimbang antara ilmu agama dan pengetahuan umum, meliputi:
Kegiatan Ekstrakurikuler: Beragam kegiatan seperti seni islami, olahraga, pramuka, dan keterampilan bahasa untuk membentuk santri yang aktif, kreatif, dan berjiwa pemimpin.
Tahfidzul Qur’an: Program intensif untuk menghafal Al-Qur’an dengan bimbingan ustadz-ustadz yang berpengalaman.
Madrasah Diniyah: Pembelajaran kitab kuning, ilmu fiqih, tauhid, tafsir, dan hadits untuk memperdalam pemahaman agama.
Pendidikan Formal: Mengikuti kurikulum nasional yang dipadukan dengan pendidikan agama, sehingga santri memperoleh ilmu umum dan keterampilan akademis yang lengkap.